Synopsis

16 ans plus tôt, le village de Konoha est attaqué par le démon-renard Kyûbi, qui a été relaché par un mystérieux homme masqué. Pour sauver le village, Minato Namikaze, chef du village et son épouse Kushina sacrifient leur vie afin de sceller le démon-renard à l’intérieur de leur nouveau-né, Naruto Uzumaki. 16 ans plus tard, le mystérieux homme masqué réapparait et envoie Naruto et son amie Sakura dans une réalité parallèle. Les deux ninjas vont alors tout faire pour revenir dans leur "vrai" monde.

Il y a seize ans, le village caché de Konoha a été attaquée par Kyûbi qui a été relâché par un homme mystérieux, l'homme masqué. Pour sauver le village, le quatrième Hokage, Minato et sa femme Kushina décident ensemble de sceller la moitié du chakra de Kyûbi dans le corps de leur fils qui venait tout juste de naître. En sacrifiant leurs vies, ils ont non seulement réussi à sauver le village, mais en plus de ça ils ont confié le futur du village à leur fils, Naruto.

Le temps a passé. Puis les membres de l'Akatsuki, Pain, Konan, Itachi, Kisame, Deidara, Sasori, Hidan et Kakuzu attaquent Konoha. Mais Naruto et ses compagnons les en empêchent et réussissent à les contrer. Cependant, le fait que ces membres de l'Akatsuki qui sont normalement morts soient revenus à la vie reste un mystère. Tous les ninjas reçoivent des louanges de leurs familles pour avoir effectué une dangereuse mission. Naruto, qui n'a pas connu ses parents, se sent davantage seul. Un soir, soudainement, l'homme masqué apparaît dans le village. Sa technique oculaire frappe alors Naruto et Sakura4. Les deux amis réapparaissent alors dans le village, mais tombent sur Kiba, Hinata et Shino qui ont radicalement changé d'attitude : Kiba déteste les chiens, Shino se promène avec un insecticide et Hinata, timide d'habitude, se comporte de manière agressive. Complètement perdus, ils se demandent ce qui se passe. Ils rencontrent également les membres de l'équipe 10 (Ino, Shikamaru et Chôji) qui se comportent également de façon étrange : Ino appelle ses amies "chérie", Shikamaru se comporte comme un enfant et Chôji est devenu mince. Ils retrouvent également leur ancien camarade Sasuke de retour au village qui a lui aussi changé (il passe son temps à draguer des filles). Dans cet univers d'illusion, le 4e Hokage n'est autre que le père de Sakura, Kizashi et cette dernière se fait appeler « fille de héros » par les habitants ainsi que les enfants du village. Le lendemain, les ninjas du village (à part Rock Lee) se retrouvent aux bains publics mais Lee tombe accidentellement dans le vestiaire des filles alors qu'il s'entraînait et ce dernier se retrouve portant les sous-vêtements de sa camarade Tenten. Dans cet univers d'illusion, les rôles s'inversent entre Naruto et Sakura : en effet, Naruto découvre que ses parents sont toujours vivants et Sakura, quant à elle, se retrouve orpheline, et, pour la première fois de sa vie, réalise enfin le sentiment qu'a éprouvé Naruto durant son enfance : le sentiment de solitude.

En dehors du village, un jeune homme masqué fait son apparition et Tobi lui propose de s'allier à lui pour détruire Konoha. Tsunade confie alors la mission à Naruto, Sakura, Minato, Kushina, Kakashi et Gaï de retrouver un parchemin que Jiraya a laissé avant de mourir. Après la réussite de la mission, le jeune homme masqué attaque le village. Naruto et ses camarades tentent de l'en empêcher mais ce dernier, trop fort pour eux, capture Sakura et utilise une technique sombre du shuriken tourbillonnant pour détruire le village. Naruto décide de partir la sauver et porte la veste de son père en guise d'encouragement. Il retrouve le jeune homme masqué et le combat commence. Lorsque celui-ci invoque 9 créatures, les membres de l'Akatsuki viennent en aide à Naruto (sur ordre de Tsunade) afin de lui permettre de poursuivre son combat contre le jeune homme masqué et Itachi sauve Sakura. Le jeune homme masqué dévoile enfin son vrai visage : il s'agit de Menma Uzumaki, le vrai fils des parents de Naruto dans cet univers d'illusion. Celui-ci fait appel à Kyûbi et Naruto décide d'en faire le même, en difficulté dans le combat. Naruto bat Menma une première fois mais Tobi prend le contrôle de son corps pour utiliser un genjutsu afin de lui extirper Kyûbi. Sakura intervient alors et tente de faire gagner du temps à son ami pour qu'il retrouve ses esprits. Naruto affronte à nouveau Menma mais cette fois-ci remporte le combat avec la même tactique que son père avait utilisé par le passé contre Tobi, l'« Orbe tourbillonnant ». Grâce à cette attaque, son adversaire retrouve son apparence normale. Naruto et Sakura, ayant accompli leur mission, retournent dans leur univers d'origine.