Synopsis

Dans un futur lointain, la Terre est devenue une « planète interdite » pour les humains éparpillés dans l'Espace : la planète ne dispose pas d'assez de ressources pour héberger toute l’Humanité. Le commandant du vaisseau spatial Arcadia, le capitaine Albator, est un pirate de l’espace épris de liberté. Condamné à mort, il demeure insaisissable. Albator a choisi d'affronter la Coalition GAIA.

Le jeune Yama, qui est le frère de l'amiral chef des forces spatiales terriennes, est envoyé par GAIA pour infiltrer l'équipage, détruire le vaisseau et tuer Albator. Yama ne tarde pas à apprendre quel est le but d'Albator : implanter la 99e et dernière bombe spatio-temporelle permettant de couper les liens temporels de l'univers. Alors que l'Arcadia se dirige vers la Terre, les Terriens installent des forces spatiales importantes pour détruire l'Arcadia. C'est alors que Yama contacte son frère pour lui expliquer qu'il est convaincu qu'Albator veut le bien de l’humanité et qu'il renonce à le tuer. L'amiral révèle à son frère qu'un siècle auparavant, Albator avait détruit la Terre en la parsemant de « matière noire » (fournie par la mystérieuse Miimé), la faisant devenir une planète morte et stérile ; aujourd'hui Albator cherche à réparer son erreur en déliant les nœuds du temps...

2977. Albator, capitaine du vaisseau Arcadia, est un corsaire de l’espace. Il est condamné à mort, mais reste insaisissable. Le jeune Yama, envoyé pour l’assassiner, s’infiltre dans l’Arcadia, alors qu’Albator décide d’entrer en guerre contre la Coalition Gaia afin de défendre sa planète d’origine, la Terre.