Synopsis

Mewtwo et ses amis, les clones des Pokémon ont enfin trouvé un endroit où ils pouvaient vivre en paix, bien loin du cruel monde humain... Dans Pokémon le film, Mewtwo avait effacé de toutes les mémoires toute trace de bataille entre lui, les Pokémons et la Team Rocket... Seul Giovanni, force maléfique derrière la création de Mewtwo s'en souvient...

Après "mewtwo contre-attaque", mewtwo et les autres pokemons clones se sont caché au Mont kena, Au sommet duquel aucuns humains n'est jamais montés. Lorsque Sacha et ses amis passent dans les environs, la team-rocket capture alors pikachu en montgolfière. Celle ci est percé, et tombe au sommet du mont. De plus, Don Giovanni à découvert ou se cachait mewtwo et compte bien le récupérer.