Tous les films de Masahiko Murata
Naruto a pour mission de capturer Mukade, un ninja déserteur. Il poursuit ce dernier, et le coince dans les ruines historiques de « Rôran ». Le but de Mukade se révèle être une réserve illimitée de chakra souterraine, perdue au milieu des ruines et scellée autrefois par le 4e Hokage. Il absorbe le sceau et relâche la puissance de celle-ci, provoquant une lumière qui enveloppe Naruto, et l'envoie dans le passé 20 ans avant le début de la série. Quand Naruto se réveille, il entre en contact avec son père…
Accusé d’avoir tenté d'assassiner le chef du village de Kumo, le Raikage, et tué des jōnin de Kiri et d'Iwa, Naruto est emprisonné à Hozukijo, une prison pour les criminels connue également sous le nom de « Prison sanglante ». Le surveillant de la prison, Mui, utilise l'emprisonnement suprême, une technique qui permet de voler le pouvoir et les capacités du prisonnier. Dans la « Prison sanglante », quelque chose tente de s’en prendre à Naruto. Aidé par ses amis, Naruto doit à la fois prouver son innocence et découvrir la vérité.